《叛逆者》这部精彩的谍战剧即将迎来大结局。朱一龙饰演的林南生也从初出茅庐的特工变成了遇事沉着勇敢的王牌特工。林南生经历了复杂的内心变化，在各种原因的刺激和改变下，成为了为中共上海地下组织效力的王牌特工。
他利用自己保密局上海站副站长的身份，帮助组织完成了很多秘密任务，掩护转移了很多同志，为组织挽回了很多损失。随着形势的不断发展，林南生发挥着越来越重要的作用，完成了上级交给的许多重要任务。
然而就在此时，单线联系林南生的组织情报员纪中原被保密局逮捕。林南生百思不得其解，纪中原也想不通自己是怎么暴露的。
举报纪中原的人是孟安南，是陈默群在组织里留下的暗桩。作为陈默群设下的暗棋，孟安南并没有太多的任务。他的目标是潜伏在组织中，爬到更高的位置。
这使得孟安南在组织中深藏不露，连一向机警的朱怡珍都没有意识到他的危害。最后在他的跟踪观察下，发现了纪中原的藏身之处，通知保密局的人把他抓了起来。
恶意的保密局上海站站长王诗安也想利用孟安南挂出更多的人。他知道孟安南可能会暴露，就把他安排在朱怡珍身边，要他逮捕来迎接朱怡珍的人。他的思想非常恶毒。
然而，让王诗安没想到的是，迎接朱怡珍的人没有来也没有来，而是林南生来到了朱怡珍所在的地方。他明确表达了自己的身份，并获得了朱怡珍的信任。还没来得及高兴，两人就开始了紧张的信息传递。
林南生从睡得最深的荣将军那里获得了绝密的保护情报，需要传递给华野司令部作战略决策。这时，林南生发现了孟安南的身份问题，因为他发现了一块与陈默群一模一样的手表，于是他很快确定孟安南就是陈默群的人。
林南生和朱怡珍做了一个果断的决定，选择在除草的同时发出信息。两人各司其职，在不暴露身份的情况下，孟安南被彻底铲除，最后叛徒得到了应有的惩罚。
王诗安急不可耐地等着用孟安南提供的信息来弥补过失。虽然他之前已经发现了纪中原，但是并不知道他的真实身份，而且因为行动混乱误杀了纪中原，这让保密局高层非常愤怒。孟安南被免职后，没有办法亡羊补牢，前线战斗的信息频频丢失。王诗安再次倒下，甚至可能没有撤退的机会。
