在生产大曲酒和小曲酒时，应分别使用大曲酒和小曲酒作为糖化发酵剂。有不同的方法来制作清酒曲。现以汾酒曲和药小曲为例做一个简单介绍。
第一，汾酒曲
制作方法
1.原料粉碎：将60%的大麦和40%的豌豆按比例混合均匀后粉碎，需要20-30%的细粉过20目筛。
2.踩曲：将粉加水，拌匀，踩曲模，形成曲坯。坯体含水量36-38%，要求台阶平整饱满。
3.房内排列：事先将曲房温度调至15~20，地面铺上稻壳，将曲坯运入房内，以2 ~ 3cm的间距成排排列。每层放上芦苇杆，再放上一层曲块，一共三层。
4.霉菌生长：当曲室关闭时，温度会逐渐升高。一天后，曲坯表面会出现霉点。36~37小时后，产品的温度将升至38~39。升温要控制的慢，这样霉菌才能长好。
5.霉变干燥：将曲坯温度升至38~39，打开门窗，除去保温层，除去水分降温，将曲坯翻转一次，打开空间控制微生物生长，使曲坯表面干燥固定，称为霉变干燥。干燥霉变时，室内不宜产生对流风，防止表皮开裂。将霉菌风干2~3天，每天翻曲一次，曲层由三层分别增加到四层和五层。
6.潮火：模具干燥后，关闭门窗进入潮火，产品温度提高到36~38，曲层由五层增加到六层，呈人字形排列。弧形层1~2天翻一次，昼夜密封开启门窗，产品温度升降两次。4~5天后，产品温度逐渐升至45 ~。
7.火(高温)期：此时微生物菌丝由表及里生长，水分和热量由里向外散失。可以打开门窗调节产品温度，保持44~46%的高温7~8天，每天翻一次身。烧制期结束时，50~70%的曲坯已经成熟。
8.后火期：曲坯逐渐干燥，产品温度从44~46降至32~33或更低，后火期持续3~5天。
9.熟化制曲：后火期过后，为使曲坯继续蒸发水分，产品温度应控制在28~30进行熟化制曲。
10.出屋：将弧形块留在屋外，堆成弧形堆，间距10cm。
二、药物小曲又名九药或九曲丸。它由生米粉、中草药粉和种曲制成。
制作方法
1.泡饭：将大米浸泡在水中3~6小时。
2.粉碎：将浸泡后的大米粉碎成米粉，用180目细筛过筛。
3.配料接种：3/4米粉作为空白，剩余1/4米粉作为裹粉。香药粉的用量为酒坯粉用量的3%，陈曲粉用量的2%，水用量的60%。搅拌均匀。
4.制坯：混合均匀，制成酒饼，切成2cm颗粒，用竹筛滚圆，制成酒药坯。
5.裹粉：在曲坯外面滚一层细米粉，控制曲坯含水量为46%。
6.制曲：室温应控制在28~31，将酒坯送入曲室。培养20小时后，霉菌菌丝生长旺盛，产品温度应控制在33~34，最高不超过37。24小时后，室温应控制在28~30，产品温度低于35保持24小时。在房间里48小时后，味觉温度下降，音乐成熟。
7.制曲：成熟的曲取出后，晒干或放入烘房烘干，储存备用。
